Kärdla Baptistikoguduse ajalugu loetakse alates 1884. aastast, kui Kukka rannas ristiti esimesed viis inimest.
Tegelikult algas vaimulik ärkamine juba 1881. aastal, kui Hiiumaale tulid neli rootslasest meest Vormsilt, et kuulutada elavat usku rootslaste järeltulijatele Reigis ja Rootsikülas. Kuna suguvennad neid vastu ei võtnud ja neisse isegi vaenulikult suhtusid, pöördusid nad kurvalt tagasiteele.
Kärdlast läbi minnes äratasid võõrsilt tulnud oma rootsikeelse jutuga tähelepanu vennastekoguduse lugejas Paavel Elleris, kes pisut rootsi keelest aru sai. Vaimulikust ärkamisest Vormsil oldi siingi kuuldud, kuid nüüd oli võimalus ise küsida ja asjaosaliste usu siiruses veenduda.
Selle näiliselt juhuslikule kokkusaamisele ja samal õhtul toimunud vaimulikule koosolekule Ellerite kodus järgnesid mitmed hiidlaste külaskäigud Vormsile, kust toodi kaasa ususäde, mis peagi Hiiumaalgi lõkkele lõi. Ühe sellise reisi ajal sai usklikuks ka Peeter Kaups, kellest sai koguduse esimene kohalik juht kolmekümne kaheks aastaks.
Alguses peeti koosolekuid taludes, kuni 1895. a. ehitati oma palvemaja (praegu Kabeli tn 3).
Esialgu oli kogudus Peterburi saksa baptistikoguduse Haapsalu osakond ning pastorina teenis kogudust A. R. Schiewe. Alates 1894. aastast kogudus sai iseseisvaks ja Peeter Kaups valiti selle pastoriks (juhatajaks).
Juba 1886. aastal alustas koguduses tööd pühapäevakool ja tütarlaste tund.
Noorel kogudusel tuli juba algusest peale rinda pista mitmete raskustega. Tsaarivõim tegi takistusi koosolekute läbiviimiseks, korduvalt ähvardati trahvide ja isegi vanglaga. Nii tuli Peeter Kaupsil sageli kohtu ees seista ja neljateistkümnel korral ka vee ja leiva peal olla. Palju tuli ette arusaamatusi kohaliku kirikuga, sest olid ju kõik tolleaegsed inimesed juba lapsena ristitud ja luteri kiriku liikmed.
Kuid mida õigupoolest siis need ärganud taotlesid? Peamiselt vaid üht: usklike Uue Testamendi järgi elamist ja uuestisündi ning usklike ristimist.
Vaatamata raskustele kogudus kasvas arvuliselt ning asutati mitmeid osakondi. Samuti tegutses koguduses juba 1886. aastast pühapäevakool ja tütarlaste tund.
1923. aastaks oli koguduses juba 357 liiget ja 107 last, 1939. aastaks aga 524 liiget ja 223 last. Kogudusel oli viis osakonda. 1918. aastast oli koguduse pastoriks Karl Kaups ja 1924 – 1969 Eduard Johannson – Heinla.
Pärast Teist Maailmasõda võimule tulnud valitsuse eesmärgiks oli usk üldse hävitada. Sellest andis tunnistust nõukogude võimu poolt 1949. aastal vastremonditud palvela sunniviisiline äravõtmine. Samuti mõjus koguduse tööle halvavalt mitmete aktiivsete liikmete põgenemine vene võimu eest välismaale.
Pärast palvela äravõtmist liitusid endine nelipühikogudus ja baptistikogudus ning asusid ühist jumalariigi tööd tegema ühte majja (Käina mnt 13, nn. rootsi kabel). Loomulikult oli ka selle “kombinatsiooni” eesmärgiks erinevate usulise tunnetusega usklikud omavahel tülli ajada. Siiski ühendas raske aeg ja ühine Jumalaarmastus usklikke ning tänaseks on kogudus sulandunud ühte.
1969. aastast sai koguduse pastoriks Hans Kaups ja 1975. aastast tema poeg Ado Kaups.
Taasiseseisvumise aeg tõi kogudusse hulga lapsi ning põrandaalune pühapäevakool võis avalikult tegutseda. 90- ndate alguses võttis selle tööst osa üle 250 lapse.
Läbi ajaloo on koguduses töötanud mitmed koorid. Pikka aega on juhtinud nii segakoore kui ka meeskoori Viljo Liik. Tähelepanuväärivaks sündmuseks sai koguduse muusikaelus 2000. aastal meeskoori kasseti väljaandmine.
1993. aastast kuni 2004. aastani teenis kogudust pastor Erki Tamm. Alates 2004. aasta augusti lõpust on Kärdla baptistikoguduse karjaseks Tarmo Kähr, kellele kogudus esitas kutse peale Erki Tamme siirdumist Tallinna Allika kogdusse.